São muitas complicações. Uma carga fracionada em uma viagem compartilhada. Um carga que passa por diversos processos antes de ser entregue: coleta, movimentação de terminal, armazenagem, transferência, outra movimentação de terminal e finalmente entrega. Isso quando a coisa não é mais complicada.
Como custear tantas etapas diferentes? Tenha controles da operação etapa por etapa. Saiba quanto seus veículos de coleta e entrega andam e quanto eles carregam. Seja detalhista e saiba também quanto tempo esses veículos operam por dia. Faça o mesmo para todos os seus veículos, independente dos processos que eles executem. Conheça a operação dos seus armazéns através de dados operacionais. Dados, esse é um grande problema para se calcular custos em transportes. Muitas vezes não há controles detalhados como na indústria. Não há essa cultura.
Custo é simplesmente uma despesa ($$) sobre uma unidade de produção (Km ou Horas ou Kg, etc).
Sendo assim. A indústria do transporte precisa criar uma cultura de controle de produção.
Tendo esses dados é meio caminho andado. A outra metade é mais fácil e você obtém respondendo à pergunta: Quanto gasto com cada veículo? Quanto gasto com movimentação de cargas nos terminais? Quanto gasto com armazenagem?
Essas perguntas não são tão difíceis porque contabilidade toda empresa têm, certo?